2008年赛季起正式恢复到原先计划的（“升二降二”制度）。在中超成立之初，由于硬件设施不能达到中国足协所制定的中超准入标准，辽宁队的参赛资格曾引起过很大争议。2006年4月，为进一步完善中国足球产业的市场化进程，中国足球协会与所有中超联赛参赛俱乐部共同出资成立了中超联赛有限责任公司。2007年由于上海联城和上海申花的合并，有15支俱乐部队参加第四届中超联赛。2008年，第一次有16支队伍参加中超联赛，但是于10月初，武汉光谷因称中国足协违反程序对其进行不公处罚而退出中超联赛。因为国家队长期成绩不佳，加上中国足球超级联赛存在管理腐败，赌球成风问题，2009年后已经引起了中华人民共和国中央领导的关注，包括习近平，刘延东分别在不同的场合提到中国足球问题以及亲身参与中国足球的会议。2009年11月中华人民共和国公安部展开中国足坛反赌风暴行动，大范围打击抑制足球发展的赌球行为。2012年中国足球超级联赛十六只球队单赛季投入超过30亿人民币（约5亿美元），为历届最高；继2011赛季二次转会的孔卡之后，一些财力雄厚的球队亦网罗了如德罗巴，阿内尔卡，凯塔，罗申巴克，卡努特，雅库布，巴里奥斯等球星（但阿内尔卡，德罗巴已于2013年2月离开上海申花，分别加盟尤文图斯与加拉塔萨雷），中超自赌球风波后再次开始被中国国内社会甚至世界球坛所关注；而2012年全年的票房亦为2004年中超成立以来最高。